正常胃黏膜菌群特征分析2例

目的:分析消化不良患者的正常胃黏膜菌群特征.方法:收集2例正常胃黏膜病理学消化不良患者的胃窦黏膜,提取黏膜组织基因组DNA,应用PCR方法扩增16S rRNA,进行二代454焦磷酸测序.测序数据应用操作单元(operational taxonomic units,OTU)聚类分析、多样性分析和分类学分析等生物信息技术分析胃黏膜菌群的结构、多样性和丰度.结果:患者A和B胃黏膜菌群的高通量测序分析分别得到20565条和17487条优化序列,测序覆盖深度>0.98.经过97%相似度归并后分别得到638个OTUs和667个OTUs;菌群多样性分析显示正常胃黏膜菌群的chao指数和shannon指数均低于粪便菌群.患者A的胃黏膜菌群由58个属的细菌构成,归属于14个门,以变形菌门为主(99.49%),其次为放线菌门、硬壁菌门和拟杆菌门等.患者B胃黏膜菌群构成与患者A相似,由64个属的细菌构成,归属于19个门.粘质沙雷(氏)菌为正常胃黏膜菌群的优势主导菌.结论:正常胃黏膜菌群多样性丰富,以变形菌门为主,沙雷(氏)菌为优势主导菌.