甜菜MYB转录因子生信分析及种子萌发期差异表达

为了解干旱环境下甜菜MYB基因家族的表达模式,对利用15%PEG模拟的干旱胁迫处理试验组和蒸馏水对照组萌发期甜菜的转录组进行高通量测序。试验共获得79个MYB转录因子,其中42个在干旱胁迫下差异表达。氨基酸序列分析表明,甜菜萌发期MYB转录因子含有8个保守元件,8个保守元件的结构域所含有的氨基酸位点数量不一致,推测与相应的DNA分子进行结合和行使功能有关。本研究对萌发期甜菜应答干旱胁迫的MYB基因进行分析,为甜菜抗干旱胁迫育种提供基因资源和理论基础。

基于SSR、InDel分子标记的红甜菜遗传多样性分析

旨在了解21份国内外红甜菜品种的遗传多样性及其演化地位。利用Indel和SSR分子标记,对21份红甜菜遗传多样性进行研究。结果表明,InDel标记共得到25个基因位点,24个位点具有多态性,Shannon’s信息指数平均值为0.583,Nei’s基因多样性指数平均值为0.370,等位基因K为2~4个,平均2.4个,平均观测杂合度为0.235,期望杂合度0.398,多态信息含量PIC值为0.330;SSR标记共扩增出28个基因位点,全部具有多态性,平均每个标记扩增出3.5个多态性基因位点,Shannon’s信息指数平均值为0.926,Nei’s基因多样性指数平均值为0.548,等位基因K为2~7个,平均4.625个,平均观测杂合度0.399,期望杂合度0.587,多态信息含量PIC值为0.523。本研究发现,红甜菜品种大多因亲缘关系较近,因此在选育新品种时,建议尽量选择遗传距离较远的品种作为亲本。

甜菜基因组SSR标记特征分析

简单序列重复(SSR)标记在甜菜遗传和应用研究中得到了广泛的应用,但在甜菜中应用有限。甜菜是世界上重要的糖料作物之一,因此需要开发更多的SSR标记。本研究对甜菜全基因组中简单重复简单重复序列(SSR)进行了鉴定。甜菜基因组共有174218个SSR位点,平均分布频率为463/MB。在甜菜的SSR序列中,五核昔酸(33. 32%)>三核昔酸(31.80%)>二核昔酸(20. 37%)>六核昔酸(12.51%)>四核昔酸(2. 00%).在所设计的27649对引物中,18274对可以特异性扩增,是SSR标记物的37倍。甜菜中含有SSR的蛋白质编码基因与细胞过程、代谢过程、刺激反应和生物调控有关。我们的研究结果将为进一步开发新的SSR标记提供依据,这些标记在甜菜遗传研究的许多方面具有重要价值。