不同淀粉/中性洗涤纤维比例饲粮对育肥牦牛生长性能、屠宰性能及肉品质的影响

本试验旨在探究不同淀粉/中性洗涤纤维(starch/NDF,SN)比例饲粮对育肥牦牛生长性能、屠宰性能及肉品质的影响。选取51头体况良好、体重[(247.48±24.02)kg]相近的健康雄性牦牛,随机分为3组(每组17个重复,每个重复1头牛),分别饲喂不同碳水化合物结构饲粮,分别为低SN比例(LSN组)、中SN比例(MSN组)、高SN比例(HSN)饲粮,SN比例分别为0.41、0.51、0.64。舍饲饲养115 d。结果表明:HSN组牦牛平均日增重显著高于LSN组(P<0.05),同时料重比显著低于LSN组(P<0.05)。HSN组牦牛瘤胃重显著低于LSN、MSN组(P<0.05),网胃、瓣胃、皱胃、小肠、大肠及心脏、肝脏重在不同组间差异不显著(P>0.05);各组牦牛在胴体长、胴体胸深、胴体深、胴体后腿围、胴体后腿长、胴体后腿宽、大腿肌肉厚差异不显著(P>0.05),HSN组牦牛屠宰率显著高于LSN组(P<0.05),净肉率显著高于LSN组(P<0.05)。HSN组牦牛背最长肌熟肉率高于LSN组,但未达到显著水平(P>0.05),剪切力显著低于LSN组(P<0.05),HSN组亮度值高于LSN、MSN组,但未达到显著水平(P>0.05)。综上所述,育肥牦牛对高SN比例饲粮具有良好的适应性,高SN比例饲粮能够促进牦牛增重、提高产肉性能并改善肉品质。

野外采集牦牛睾丸组织的冷冻保存及其生精细胞的复苏培养研究

采用玻璃化冷冻方法对野外采集的牦牛睾丸组织进行冷冻,通过HE(hematoxylin-eosin)染色分析发现玻璃化冷冻后的牦牛睾丸组织曲细精管结构保存较完好,曲细精管可见大量形态完好的各类生精细胞。采用台盼蓝染色检测细胞活率,发现冷冻复苏后细胞活率可达80.20%。分别通过生精细胞和精原干细胞标志蛋白DDX4和GFRA1免疫荧光染色发现复苏后培养14 d后的生精细胞和精原干细胞的数量明显减少。通过RT-qPCR对复苏后不同实验处理组牦牛睾丸细胞标志基因的表达分析,发现培养30 d的生精细胞中的精原干细胞标志基因%Thy1和UCHL1%的表达量显著增高。因此,玻璃化冷冻保存的牦牛睾丸组织中曲细精管及其生精细胞得到了较好的保护,该方法对于其他哺乳动物生精细胞的长久有效保存具有重要的参考价值。

牦牛EPO、PPARα基因SNP与高原低氧适应的相关性分析

试验旨在探究促红细胞生成素基因(EPO)、过氧化物酶体增殖剂激活受体α(PPARα)的遗传多样性,并分析其多态性与牦牛高原低氧适应性的相关性。采集不同海拔高度的6个牦牛类群(中甸牦牛、麦洼牦牛、斯布牦牛、类乌齐牦牛、帕里牦牛、申扎牦牛)以及三江黄牛共375头耳样,提取DNA并分别构建DNA池,采用直接测序法结合PCR-RFLP检测分析EPO、PPARα基因的多态性,最后应用SHEsis软件统计分析候选基因SNPs与牦牛高原适应性的相关性。结果表明,EPO基因存在3个SNPs位点:rs527G→A、rs1031A→T、rs1192T→C;PPARα基因存在3个SNPs位点:rs77363C→T、rs77471C→A和rs77534C→T。χ^(2)适合性检验结果显示,EPO基因3个SNPs位点均符合Hardy-Weinberg平衡状态;PPARα基因的rs77363C→T位点上,6个牦牛类群都处于平衡状态(P>0.05),在PPARα基因的rs77471C→A和rs77534C→T位点,麦洼牦牛偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。单倍型分析得出,EPO基因的ATC单倍型在高海拔地区牦牛中的分布频率随海拔升高而升高;PPARα基因的TAC单倍型在6个牦牛类群中分布频率显著高于其他单倍型。研究表明,EPO、PPARα基因可作为牦牛适应高原环境的分子标记,为进一步探讨牦牛高原低氧适应性机制提供一定理论帮助。

DNA甲基化在牛遗传育种中的应用

DNA甲基化不引起DNA序列的改变,却可以调控基因的选择性表达,影响器官的发育和个体生长;在机体整个生命进程中,对维持基因组稳定性以及保证机体正常生长发育均发挥至关重要的作用。目前,DNA甲基化的研究已延伸到家畜杂种优势利用、分子遗传育种和克隆优化等领域,并开始探索DNA甲基化在家畜遗传育种中的具体作用。本文简要介绍了DNA甲基化的作用机制,重点阐述了DNA甲基化在牛遗传育种中的研究现状。

乳酸菌与酵母菌的复配筛选及在传统泡菜中应用

为了探究具有不同菌种关系的乳酸菌和酵母菌在泡菜发酵过程中的发酵性能,本实验选取不同食品来源的8株乳酸菌和5株酵母菌,通过代谢产物交叉培养及菌株共培养方法,筛选到一对具有互促关系的乳酸菌和酵母菌,即植物乳杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)J05和酿酒酵母(Sacchromyces cerevisiae)Y21。分别从培养方式、接种顺序、接种比例等方面分析该组菌共培养关系,并测定了泡菜发酵过程中pH、总酸、还原糖含量、亚硝酸盐的含量。结果显示,添加酿酒酵母Y21静置培养无菌代谢产物对处于生长期的植物乳杆菌J05具有明显促生长作用,先接种酿酒酵母Y21后接种植物乳杆菌J05可促进两种菌的生长,筛选到两株菌共培养的最佳比例为30:1和40:1。在30:1的接种比例下,泡菜发酵进入稳定期后,与自然发酵组、单菌组、互抑组相比较,互促组p H维持在3.4~3.5之间,显著低于其他各组(P<0.05);总酸含量最高值为1.25 mg/kg,显著高于其他各组(P<0.01);还原糖含量较低,维持在0.10 g/100 g左右,亚硝酸盐峰值含量为5.38 mg/kg,显著低于除酿酒酵母Y21组外的其他三组(P<0.01)。本实验筛选所得互促菌组发酵性能较强,可缩短泡菜发酵周期,降低泡菜中亚硝酸盐含量。

BMP4在牦牛和犏牛睾丸组织及支持细胞中的差异表达分析

【目的】从牦牛和犏牛睾丸组织中分离培养支持细胞,检测骨形态发生蛋白4基因(BMP4)及其受体基因在牦牛、犏牛睾丸组织及支持细胞中的表达情况,为深入研究BMP4对犏牛精子发生过程的作用提供理论基础。【方法】采集12月龄牦牛和犏牛睾丸组织,使用Trizol法提取各睾丸组织总RNA,利用RT-PCR技术检测BMP4及其受体基因(骨形态发生蛋白受体1B型(ALK6)、骨形态发生蛋白受体2型(BMPR2)、激活素A受体2A型(ACVR2A)、激活素A受体2B型(ACVR2B))的mRNA表达水平。通过两步酶法消化睾丸组织制备细胞悬液,经差速贴壁、饥饿处理和胰酶消化分离纯化牦牛和犏牛睾丸支持细胞。采用HE染色、油红O染色、碱性磷酸酶(ALP)染色、免疫荧光染色鉴定支持细胞,用Trizol法提取细胞总RNA,RT-PCR检测支持细胞、生精细胞、间质细胞、类肌细胞标志基因和BMP4及其受体基因的mRNA表达水平。采用实时荧光定量PCR检测BMP4及其受体基因在牦牛和犏牛睾丸支持细胞中的差异表达情况。【结果】HE染色结果显示,第3代(F3)支持细胞呈长条形或梭形。油红O染色结果显示,体外培养的细胞胞质中有明显脂滴积累,且在细胞核内可观察到支持细胞特有的双极小体结构。ALP染色结果显示,细胞不着色。免疫荧光染色结果显示,支持细胞标志蛋白GATA结合蛋白4(GATA4)呈阳性表达。RT-PCR检测结果显示,支持细胞标志基因BMP4、SRY-box转录因子9基因(SOX9)、波形蛋白基因(Vimentin)、Wilm肿瘤抑制基因(WT1)、FAS细胞表面死亡受体基因(FAS)和胶质细胞源性神经营养因子基因(GDNF)存在明显表达,而生精细胞标志基因出局区解旋酶4(DDX4)和类肌细胞标志基因半胱氨酸的血管生成诱导剂61(CYR61)无明显表达,间质细胞标志基因细胞色素P450家族11亚家族A成员1(CYP11A1)则有少量表达。BMP4在牦牛和犏牛睾丸支持细胞中都有表达,且在牦牛支持细胞中的表达量显著高于犏牛支持细胞,而其受体基因ALK6、BMPR2、ACVR2A和ACVR2B在牦牛支持细胞中的表达量显著或极显著低于犏牛支持细胞。【结论】从牦牛和犏牛睾丸组织中分离获得支持细胞,BMP4在牦牛支持细胞中表达量较高,暗示BMP4对犏牛精子发生具有潜在调控作用。

牦牛、犏牛TB-RBP基因克隆及在睾丸组织中的表达

牦牛与普通牛的种间杂种犏牛雄性不育机理一直是畜牧科学研究的热点之一,对牦牛、犏牛睾丸组织特异表达基因的比对分析,可为犏牛雄性不育分子调控机制提供基因参考。通过对牦牛及杂种犏牛TB-RBP基因进行克隆,并利用实时荧光定量PCR技术对候选基因进行组织表达差异分析。结果表明,克隆获得牦牛TB-RBP基因CDS全序列873 bp,犏牛TB-RBP基因部分CDS区序列587 bp;系统进化树显示不同物种TB-RBP基因编码区序列高度保守,遗传相似性较高;蛋白功能预测TB-RBP蛋白属于Translin结合蛋白家族,对精子发生等生物过程具有重要调控作用。TB-RBP基因在犏牛和牦牛的睾丸组织中均有表达,TB-RBP基因的表达水平在牦牛与犏牛组间差异显著(0.01<P<0.05),牦牛显著高于犏牛。TB-RBP基因是精子正常发育的关键基因,而在犏牛睾丸组织中表达量较低,表明犏牛雄性不育与精子发生异常有关,为今后开展TB-RBP基因与犏牛雄性不育的相关分析以及基因定位、表达调控和牦牛分子育种奠定了理论基础。

MyoG基因多态性与牦牛生长性能的关联分析

旨在对西藏主要牦牛类群及四川麦洼牦牛生长性状指标进行比较分析,并选取MyoG基因进行SNPs检测,研究其与牦牛体尺性状的相关性,为有效评估西藏主要牦牛类群的生长性能提供参考。采用DNA池直接测序法进行候选基因全区段遗传变异检测,采用SPSS 17. 0程序中最小二乘线性模型对MyoG基因多态位点基因型与牦牛体质量、体尺性状进行关联分析。结果显示,申扎牦牛生长指标明显小于麦洼牦牛、类乌齐牦牛和帕里牦牛,而类乌齐牦牛各性状指标均较优,不同生态环境及气候条件直接影响草场、植被类型及其长势情况,进而影响牦牛的采食量和生长发育。牦牛MyoG基因共检测到g. 757 T> C、g. 662 G> A、g. 539 A> G和g. 2216 A> G共4个突变位点,均包含3种基因型,且符合Hardy-Weinberg平衡,其中,g. 757 T> C、g. 662 G> A和g. 539 A> G位点在申扎和帕里牦牛中多态性较高,在其他群体中较低。差异显著性检验表明,g. 757 T> C、g. 662 G> A和g. 539 A> G与体高显著相关(P <0. 05)。MyoG基因可能是影响牦牛体高性状的主基因或与主基因相连锁的基因座,可作为辅助选择的遗传标记。

低海拔舍饲对牦牛肌肉品质的影响研究

牦牛低海拔舍饲是解决藏区草畜矛盾的重要手段,同时也能促进冷季牦牛生长发育,改善牦牛肉品质。旨在探讨低海拔区域开展牦牛舍饲模式对牦牛生长发育、屠宰性能、肌肉品质以及血清指标的影响,初步探索低海拔舍饲影响牦牛肌肉品质的可能因素。选用10头36月龄体重、体况相近的健康公牦牛,随机均分为舍饲组与放牧组,舍饲组于广汉农区(海拔:600 m)进行全舍饲育肥,放牧组于红原县牦牛科技园区(海拔:3500 m)按传统模式天然放牧,试验期150 d。结果表明,舍饲牦牛增重极显著高于放牧组(P<0.01),其胴体重、净肉重、屠宰率和净肉率极显著高于放牧组(P<0.01)。舍饲组背最长肌食用品质显著改善:亮度(L^*)显著高于放牧组(P<0.05),熟肉率和肌内脂肪(IMF)含量显著高于放牧组(P<0.05),剪切力显著低于放牧组(P<0.05);舍饲组背最长肌营养品质显著改善:粗脂肪(EE)含量极显著高于放牧组(P<0.01)。舍饲组棕榈酸(C16:0)、硬脂酸(C18:0)含量极显著高于放牧组(P<0.01);饱和脂肪酸(SFA)、多不饱和脂肪酸(PUFA)和反式脂肪酸(TFA)含量均显著高于放牧组(P<0.05)。鲜味氨基酸(FAA)显著高于放牧组(P<0.05)。血清指标分析结果显示,舍饲组血清中血糖(GLU)显著高于放牧组(P<0.05),甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)的含量极显著高于放牧组(P<0.01),β-羟基丁酸(BHBA)含量极显著低于放牧组(P<0.01);乙酰辅酶A羧化酶(ACC)活性极显著高于放牧组(P<0.01),脂肪酸合成酶(FAS)活性显著高于放牧组(P<0.05);激素敏感性脂肪酶(HSL)活性显著低于放牧组(P<0.05)。由此可见,通过冷季低海拔舍饲可达到牦牛生长肥育的效果;可激活牦牛血清中脂沉积相关酶活性,促进肌肉中脂肪的合成与沉积,改善牦牛肉食用品质及营养品质。

牦牛ACTA1基因启动子区克隆、DNA甲基化与组织表达相关性分析

为了探究骨骼肌α肌动蛋白1(ACTA1)基因在肌肉和脂肪等6个组织中的甲基化状态及mRNA表达水平,以类乌齐牦牛、麦洼牦牛为研究对象,成功克隆了牦牛ACTA1基因启动子区序列,且采用重亚硫酸氢盐测序法(BSP)检测ACTA1基因启动子区甲基化模式,并通过实时荧光定量PCR检测ACTA1基因在臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪组织中的mRNA表达水平。结果显示,牦牛ACTA1基因转录起始位点上游及第一外显子区部分序列总长为1028 bp;BSP法分析发现肌肉组织DNA甲基化水平最低,脂肪组织甲基化率最高,其中,类乌齐牦牛臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪的甲基化概率分别为6.25%,6.88%,20.00%,16.25%,26.25%,29.38%,麦洼牦牛臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪的甲基化概率分别为5.00%,7.50%,18.13%,20.00%,26.25%,28.75%;ACTA1基因mRNA表达量在肾脏、肺脏、肝脏和脂肪均极显著低于臀大肌(P<0.01),且显著低于心脏(P<0.05),类乌齐牦牛和麦洼牦牛心脏mRNA表达量具有显著性差异(P<0.05),类乌齐牦牛肺脏组织甲基化率显著低于麦洼牦牛(P<0.05),其他各组织甲基化率和mRNA表达量差异均不显著(P>0.05),各组织甲基化水平与ACTA1基因mRNA表达量呈极显著负相关(r=-0.797,P=0.002)。结果表明,ACTA1基因DNA甲基化模式对肌肉发育具有一定的调控作用,可为牦牛遗传育种表观遗传标记提供部分数据支持。

低海拔舍饲对牦牛和犏牛生长性能、屠宰性能和肌肉品质的影响

本试验旨在探讨低海拔舍饲对牦牛和犏牛生长性能、屠宰性能和肌肉品质的影响。试验选取36月龄、体重相近、体况良好的健康雄性麦洼牦牛[(169.85±13.69)kg]10头和犏牛[本地黄牛×麦洼牦牛,(142.60±26.18)kg]5头作为试验动物,将10头麦洼牦牛随机均分为2组(舍饲牦牛组与放牧牦牛组,每组5头),5头犏牛单独作为1组(舍饲犏牛组)。放牧牦牛2019年12月至2020年5月于甘孜州红原县牧区(海拔3500 m)按照传统模式于天然草地放牧,舍饲牦牛和犏牛于广汉农区(海拔480 m)进行冷季全舍饲育肥,预试期30 d,正试期120 d,而后对各组试验牛进行生长性能、屠宰性能和肌肉品质的测定。结果表明:舍饲牦牛的末重、平均日增重、胴体重、净肉重均显著高于放牧牦牛(P<0.05),舍饲犏牛的平均日增重显著高于舍饲牦牛(P<0.05);舍饲牦牛背最长肌中粗灰分含量显著高于放牧牦牛(P<0.05),舍饲犏牛背最长肌中粗脂肪含量显著高于舍饲牦牛与放牧牦牛(P<0.05),舍饲牦牛背最长肌中水分含量显著高于舍饲犏牛(P<0.05);舍饲牦牛背最长肌的pH_(24 h)、红度(a^(*))值、剪切力显著低于放牧牦牛(P<0.05),舍饲犏牛背最长肌肌内脂肪含量显著高于舍饲牦牛(P<0.05);舍饲牦牛背最长肌中鲜味氨基酸、酪氨酸和苯丙氨酸含量均显著高于放牧牦牛(P<0.05)。由此可见,与传统放牧牦牛冷季掉膘相比,低海拔舍饲可促进牦牛与犏牛的生长,改善肌肉的营养成分含量与食用品质,且犏牛因杂交优势明显而育肥效率更为显著。

牦牛与普通牛、水牛的X染色体基因编码区比较及密码子偏性分析

【目的】从基因组比对及密码子偏性角度分析牦牛与其他牛亚科动物X染色体,有助于了解牦牛品种差异及系统进化地位,为其适应高原低压低氧环境和密码子优化提供参考。【方法】以牦牛X染色体参考基因编码区序列为参考,与普通牛和江河型水牛X染色体参考基因编码区序列进行基因组比对和基因共线性分析,同时进行基因注释,对过滤后的编码区文件进行相对同义密码子使用频率(RSCU)、ENC-plot、PR2-plot和最优密码子确定等偏性分析。【结果】在牦牛X染色体基因编码区发现了参与气管收缩、肺部呼吸及机体代谢等基因与普通牛和水牛存在差异,如KLHL13、CENPI和PGK1等基因;共线性显示长段由强选择压和突变压下表现出的交换线性区域;密码子分析中3种牛亚科动物密码子使用偏性相似,偏性均较弱,均偏向G/C结尾;强偏性密码子(RSCU≥1.5)均为CUG、GUG、AGA、AGG和UGA;牦牛、普通牛和水牛分别筛选出16、13和9个最优密码子,均以A/U结尾。【结论】牦牛与普通牛、水牛相比面临了更大的选择压力,累计的变异程度更大,三者的密码子偏性受到自然选择作用均大于突变作用。研究结果为牦牛的遗传育种、密码子优化和遗传资源开发利用提供参考。

牦牛和犏牛MEISETZ基因克隆及生物信息学分析

为探讨MEISETZ基因与犏牛雄性不育可能性关系,克隆测序牦牛、犏牛MEISETZ基因CDS区,运用生物信息学软件对其编码区作序列分析、蛋白结构与功能预测。结果表明,牦牛、犏牛MEISETZ基因CDS区长度均为688 bp,编码222个氨基酸残基;牦牛、犏牛MEISETZ蛋白均为偏碱性蛋白,不稳定指数高于阈值,蛋白结构不稳定,均无跨膜结构域,无信号肽,属非分泌型蛋白,二三级结构均以无规卷曲为主,均含有SET超家族结构域。系统进化分析显示,犏牛与牦牛聚为一类,亲缘关系最密切,序列高度保守。牦牛与犏牛核苷酸序列相比,共有4处发生碱基变异,相似性为99.4%;牦牛MEISETZ蛋白氨基酸序列与犏牛相比,144位(A→G)、204位(P→Q)2个位点发生变异,同源性为99.1%,研究为牦牛、犏牛MEISETZ基因结构与功能特别是犏牛雄性不育后续研究提供基础数据。

牦牛CSRP3基因的克隆及组织表达分析

CSRP3基因(Cysteine and glycine-rich protein 3,CSRP3)编码CRP3蛋白,是一个肌发生的正调节因子,可通过多种方式在肌肉发育和肌肉细胞结构维持中起重要作用。通过对牦牛CSRP3基因进行克隆及组织表达谱分析,为后续提高牦牛肉品质的研究提供基础数据。采用RT-PCR方法克隆牦牛CSRP3基因CDS区;再对其进行序列分析及蛋白结构和功能预测等生物信息学分析;最后利用实时荧光定量PCR技术检测该基因在牦牛不同组织中的表达量。牦牛CSRP3基因CDS区长585 bp,编码194个氨基酸;CSRP3基因的系统进化树结果显示,牦牛与黄牛的亲缘性最近,其次是绵羊。牦牛CSRP3基因编码的蛋白为偏碱性不稳定亲水蛋白,无跨膜结构和信号肽,为非分泌蛋白,含有磷酸化位点22个,N-糖基化位点2个,O-糖基化位点7个;存在两个LIM结构域,属于LIM结构域蛋白质超家族成员,主要分布于细胞核中;二级结构以无规卷曲为主,三级结构的最佳模型为1b8t.1.A;实时荧光定量PCR结果显示,牦牛CSRP3基因在臀大肌中有较高表达量。生物信息学分析结果显示,CRP3蛋白含有两个LIM结构域,主要分布在细胞核中,实时荧光定量PCR结果显示牦牛CSRP3基因在臀大肌中具有较高表达量,为牦牛CSRP3基因在牦牛肉品质方面的调控机制研究提供了基础数据。

牦牛酪蛋白基因家族的克隆及组织表达分析

本研究旨在克隆牦牛酪蛋白基因家族(CSN1S1、CSN1S2、CSN2和CSN3)的CDS区序列,鉴定其在牦牛不同组织中的表达水平。选取4岁龄左右处于泌乳期的健康类乌齐母牦牛3头,屠宰后分别采集乳腺、心脏、肝脏、骨骼肌组织,分别提取组织总RNA并反转录为cDNA,设计酪蛋白基因家族特异性引物扩增酪蛋白基因家族序列,进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR法分别检测酪蛋白家族基因mRNA水平。结果显示,克隆得到CSN1S1、CSN1S2、CSN2和CSN3基因cDNA序列分别为919、832、805和715bp,其CDS区全长分别为645、669、690和585bp,分别编码214、222、259和194个氨基酸残基。类乌齐牦牛酪蛋白基因家族与黄牛亲缘关系最近,其次是印度水牛,而与单胃动物猪的亲缘关系最远。组织表达结果显示,酪蛋白基因家族在组织中广泛表达,其中在乳腺组织中的表达量最高,其次是骨骼肌组织。在乳腺组织中CSN1S1、CSN1S2、CSN2基因之间表达量差异不显著(P>0.05),但CSN2基因表达量显著高于CSN3基因(P<0.05)。以上结果为酪蛋白基因家族在牦牛乳腺蛋白质代谢调控机制的研究提供了参考依据。

高原与平原饲养条件下麦洼牦牛RNA编辑位点的鉴定与分析

为了揭示牦牛在高原与平原饲养条件下的RNA序列分子编辑位点、类型及功能,进而为牦牛的臀肌组织生长、发育、分化及与环境相互作用等研究提供更多的信息,试验将10头麦洼牦牛随机均分成平原组和高原组,每组5头,分别于2018年12月14日—2019年5月12日(冷季)在四川省广汉市(海拔为600 m,平原组)和四川省阿坝藏族羌族自治州红原县(海拔为3 500 m,高原组)进行舍饲栓系和放牧饲养,饲养期间每30 d称量体重1次;试验结束后,屠宰试验牛,取其臀肌组织,通过Illumina HiSeq^(TM)4000测序平台进行高通量测序,利用SPRINT、 JACUSA、RNA-DNA差异位点(RDDs)和RNA-RNA差异位点(RRDs)探测RNA编辑位点(REs),并对REs进行分类、对其所在基因进行GO功能注释及变异风险评估。结果表明:平原组体重在试验第60天时显著高于高原组(P<0.05),90~150天时极显著高于高原组(P<0.01)。总计发现4 351个REs,以A>G、G>A、C>T和T>C编辑类型为主;平原组REs主要富集在大分子代谢过程,高原组REs主要富集在核仁中;仅在平原组中含有2个高风险编辑位点,使ADCY2基因提前终止蛋白质翻译,进而可能影响磷酸化及糖原合成和分解。说明牦牛RNA编辑模式受环境调控,能够影响牦牛臀肌组织的生长发育。

基于背膘厚度构建民猪肌内脂肪含量的预测模型

为了探究不同统计模型预测猪肌内脂肪含量和眼肌面积的可行性,试验利用测定的312头民猪的体重、背膘厚和日龄数据,以岭回归最佳线性无偏估计(ridge regression best linear unbiased prediction,rrBLUP)、贝叶斯B (Bayes B)、随机森林算法(Random Forest,RF)三种模型来预测民猪肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)含量和眼肌面积(eye muscle area,EMA),每种模型均采用5倍交叉法和去一法进行验证,比较预测结果以得出预测准确率较好的一种模型。结果表明:两种验证方法中,去一法的预测准确率要明显高于5倍交叉法,但计算效率较慢。在预测肌内脂肪含量的模型中,rrBLUP、Bayes B、RF模型的预测准确率分别为0.639,0.595,0.631,其中rrBLUP模型预测效果较好。在预测眼肌面积的模型中,rrBLUP、Bayes B、RF模型的预测准确率分别为0.618,0.464,0.642,其中RF模型预测效果较好。说明基于体重、日龄和背膘厚测定数据预测民猪IMF和EMA是可行的。