目的:识别双硫死亡相关基因在结直肠癌中的表达模式。方法:严格选出TCGA数据库中结直肠癌样本开展差异基因分析,并与已报道文献中的双硫基因取交集,筛选出双硫死亡相关结直肠癌差异基因,在GEO数据库和人类蛋白图谱(human protein atlas,...目的:识别双硫死亡相关基因在结直肠癌中的表达模式。方法:严格选出TCGA数据库中结直肠癌样本开展差异基因分析,并与已报道文献中的双硫基因取交集,筛选出双硫死亡相关结直肠癌差异基因,在GEO数据库和人类蛋白图谱(human protein atlas,HPA)数据库上进一步验证了双硫死亡相关基因的表达,对基因SLC7A11在人结直肠癌样本中的表达进行了qPCR验证。下载GSE184093数据集,利用上述筛选获得的基因作为标记,设置不同的阈值对癌症和对照样本进行分类,并使用ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)评估分类效果。通过K-M生存分析,鉴定标记基因对患者总体生存率的影响,利用TIMER数据库分析标记基因的表达与免疫细胞浸润的相关性。结果:识别出了2个与结直肠癌相关的双硫死亡相关基因。SLC7A11和SLC3A2这2个双硫死亡相关基因均在结直肠癌患者中高表达,并且SLC7A11高表达,结直肠癌患者预后良好,差异有统计学意义(P<0.05);SLC3A2高表达,结直肠癌患者预后较差,但是差异无统计学意义(P=0.061)。使用SLC7A11和SLC3A2作为标记,对样本进行分类鉴别结直肠癌,通过ROC曲线图可以发现,SLC7A11和SLC3A2对结直肠癌鉴别诊断的AUC分别为0.840(95%CI=0.663~1.000)和0.667(95%CI=0.395~0.938),SLC7A11对鉴别诊断结直肠癌具有一定的准确性,SLC3A2对鉴别诊断结直肠癌具有较低的准确性。SLC7A11和SLC3A2在结直肠癌的免疫浸润中起着重要的作用,SLC7A11表达与结肠腺癌中的CD8^(+)T细胞、中性粒细胞、树突状细胞浸润水平正相关(P<0.001),SLC7A11表达与直肠癌的CD8^(+)T细胞、中性粒细胞浸润水平正相关(P<0.001)。SLC3A2表达与结肠腺癌的CD8^(+)T细胞、B细胞浸润水平负相关(P<0.01),与结肠腺癌的CD4^(+)T细胞正相关(P<0.05)。结论:本研究发现,SLC7A11和SLC3A2这2个双硫死亡相关基因均在结直肠癌患者中高表达,并与结直肠癌免疫浸润密切相关,且SLC7A11对结直肠癌鉴别诊断具有一定的准确性,为结直肠癌提供了可靠和潜在的治疗靶点。展开更多
文摘目的:识别双硫死亡相关基因在结直肠癌中的表达模式。方法:严格选出TCGA数据库中结直肠癌样本开展差异基因分析,并与已报道文献中的双硫基因取交集,筛选出双硫死亡相关结直肠癌差异基因,在GEO数据库和人类蛋白图谱(human protein atlas,HPA)数据库上进一步验证了双硫死亡相关基因的表达,对基因SLC7A11在人结直肠癌样本中的表达进行了qPCR验证。下载GSE184093数据集,利用上述筛选获得的基因作为标记,设置不同的阈值对癌症和对照样本进行分类,并使用ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)评估分类效果。通过K-M生存分析,鉴定标记基因对患者总体生存率的影响,利用TIMER数据库分析标记基因的表达与免疫细胞浸润的相关性。结果:识别出了2个与结直肠癌相关的双硫死亡相关基因。SLC7A11和SLC3A2这2个双硫死亡相关基因均在结直肠癌患者中高表达,并且SLC7A11高表达,结直肠癌患者预后良好,差异有统计学意义(P<0.05);SLC3A2高表达,结直肠癌患者预后较差,但是差异无统计学意义(P=0.061)。使用SLC7A11和SLC3A2作为标记,对样本进行分类鉴别结直肠癌,通过ROC曲线图可以发现,SLC7A11和SLC3A2对结直肠癌鉴别诊断的AUC分别为0.840(95%CI=0.663~1.000)和0.667(95%CI=0.395~0.938),SLC7A11对鉴别诊断结直肠癌具有一定的准确性,SLC3A2对鉴别诊断结直肠癌具有较低的准确性。SLC7A11和SLC3A2在结直肠癌的免疫浸润中起着重要的作用,SLC7A11表达与结肠腺癌中的CD8^(+)T细胞、中性粒细胞、树突状细胞浸润水平正相关(P<0.001),SLC7A11表达与直肠癌的CD8^(+)T细胞、中性粒细胞浸润水平正相关(P<0.001)。SLC3A2表达与结肠腺癌的CD8^(+)T细胞、B细胞浸润水平负相关(P<0.01),与结肠腺癌的CD4^(+)T细胞正相关(P<0.05)。结论:本研究发现,SLC7A11和SLC3A2这2个双硫死亡相关基因均在结直肠癌患者中高表达,并与结直肠癌免疫浸润密切相关,且SLC7A11对结直肠癌鉴别诊断具有一定的准确性,为结直肠癌提供了可靠和潜在的治疗靶点。
