基于计算机模拟的丹参中黄酮类化合物抗肿瘤活性筛选

目的 运用计算机辅助药物设计对丹参中黄酮的抗肿瘤活性进行虚拟筛选。方法 于2021年12月至2022年3月,使用Sybyl软件的Surflex-dock模块对小分子与靶蛋白进行分子对接,通过Total Score函数分值判断配体分子结合能力,筛选活性化合物;根据Lipinski五法则,使用Discovery Studio 2019 Client的Filter by Lipinski模块进行类药性预筛选评估;并进行ADMET(吸收,分布,代谢,排泄,毒性)预测;将筛选出的最优化合物与靶点蛋白进行Biacore体外结合测试,利用分子对接预测化合物与靶点蛋白的相互作用模式。结果 二氢丹参酮Ⅰ、新隐丹参酮和丹参酮Ⅵ与肿瘤靶点蛋白结合函数分值>7,并表现合理的类药性质,即具有较高的结合能力和良好的类药活性,二氢丹参酮Ⅰ最优。分子对接显示,二氢丹参酮Ⅰ与ADP-核糖基化因子样2受体的氨基酸残基精氨酸61(ARG61)以氢键结合。结论 筛选出丹参中黄酮类化合物二氢丹参酮Ⅰ表现很强的类药性,与ADP-核糖基化因子样2受体结合响应值高。

基于虚拟筛选中药当归中抗肿瘤活性成分

运用计算机模拟对当归中具有抗肿瘤活性的化学成分进行虚拟筛选.使用Sybyl软件的Surflex-dock模块对小分子与血管内皮生长因子受体进行分子对接,通过Total Score函数分值判断配体分子结合能力,筛选活性化合物.根据Lipinski五法则,使用Discovery Studio 2019 Client的Filter by Lipinski模块进行类药性预筛选评估.使用Swiss ADME和Discovery Studio 2019 Client软件中ADMET descriptors预测所研究化合物的药动学特性.最后利用分子对接预测化合物与靶点蛋白的相互作用模式.结果显示化合物37(阿魏酸)具有最佳药物样特性,与VEGFR具有较高的结合能力,通过体外Biacore分析得到进一步验证.

基于VEGFR靶点的齐墩果酸类似物合成及生物活性研究

目的设计并合成一系列基于血管内皮生长因子受体(vascular endothelia growth factor receptor,VEGFR)靶点、具有抗肿瘤活性的齐墩果酸衍生物。方法利用计算机辅助药物设计技术,将VEGFR与已知活性小分子进行模拟对接,解析靶蛋白发挥活性作用的关键氨基酸片段,确定能够和关键位点结合的活性基团。以天然产物齐墩果酸为母体,在其A环上引入活性基团,同时对其C-28位羧基进行酰胺化结构修饰。采用MTT法,选用VEGFR高表达的人癌HepG2和A549细胞进行初步体外抗肿瘤活性筛选。结果合成了10个全新的齐墩果酸类似物,结构经MS、^(1)H-NMR、^(13)C-NMR谱确证。分子模拟对接显示目标化合物与VEGFR有较好的结合能力。活性测试结果表明目标化合物对两种癌细胞的抑制活性均强于母体,化合物Ⅰ_(4)和Ⅱ_(5)对HepG2细胞显示出较强的抑制活性(IC_(50)值分别为5.21μmol·L^(-1)和10.07μmol·L^(-1))。VEGFR抑制活性测试结果表明化合物Ⅰ_(4)对VEGFR-2有较强的抑制作用(IC_(50)=0.94μmol·L^(-1))。结论化合物Ⅰ_(4)有成为新型VEGFR抑制剂潜力,值得进一步研究。

基于计算机模拟的银杏叶酚酸类化合物抗肿瘤活性筛选

目的运用计算机辅助药物设计对银杏叶酚酸的抗肿瘤活性进行虚拟筛选。方法使用Sybyl软件的Surflex-dock模块对小分子与靶蛋白进行分子对接,通过Total Score函数分值判断配体分子结合能力,筛选活性化合物,将筛选出的化合物通过MVD软件进一步验证结合能力;根据Lipinski五法则,使用Discovery Studio 2019 Client的Filter by Lipinski模块进行类药性预筛选评估;并进行ADMET(吸收,分布,代谢,排泄,毒性)预测;最后利用分子对接预测化合物与靶标蛋白的相互作用模式。结果银杏酸和漆树酸与肿瘤靶标蛋白具有较高的结合能力和良好的类药活性。分子对接显示,银杏酸和漆树酸中多个结构能与血小板源生长因子受体和磷脂酰肌醇3-激酶的氨基酸残基以氢键结合。结论此研究为中药银杏叶化学成分银杏酸和漆树酸的抗肿瘤研究提供了参考,也为新药研发提供了理论基础。