猪全基因组范围ETS基因家族成员的鉴定、进化与表达分析

ETS转录因子家族在动物中广泛存在,参与细胞分化调控、细胞周期控制、细胞凋亡等多个生物学过程。文章采用生物信息学方法系统分析猪ETS家族成员进化关系和调控图谱,结合RNA-Seq数据分析其组织表达规律。研究利用Pfam鉴定ETS保守结构域序列检索猪(Sus scrofa)蛋白序列,最终在猪基因组上鉴定得到23个ETS家族基因。分析ETS家族基因、蛋白一级结构和高级结构及亚细胞定位预测。基于最大似然法,构建ETS家族系统发育树发现,可分为11个子家族,子家族成员保守结构域、基因结构、理化性质相似。通过生信分析构建由ETS家族、靶基因和miRNA构成的基因调控网络,筛选出40个"ETS家族基因-miRNA-靶基因"前馈回路。转录表达谱提示ETS家族基因在成年公猪和母猪28种不同类型组织中均有表达,且ETS1基因在免疫组织(淋巴、脾脏)和外周血单核细胞中高表达,SPIC基因在免疫组织(淋巴、脾脏)高表达。研究结果为揭示ETS家族成员生物学功能奠定基础。

长链非编码RNA基因NRON与肉鸡生长性状关联分析

近年发现长链非编码RNA参与调控多种生理活动及疾病发生。长链非编码RNA基因NRON可抑制活化T细胞核因子(NFAT),且与心肌发育、免疫反应等密切相关。文章检测东北农业大学肉鸡腹脂双向选择系和爱拔益加(AA)肉鸡群体中NRON基因单核苷多态性位点,并作关联分析。结果表明,两个群体中NRON与心脏重均极显著相关(P<0.01);NRON与AA肉鸡3周龄和5周龄体重显著相关,与高、低脂系肉鸡肌胃重、腺胃重、骨盆宽、胸角度和胸宽性状间也显著相关(P<0.05)。NRON基因表达水平在高、低脂系肉鸡心脏、胸肌、肌胃和腹部脂肪组织中均差异极显著(P<0.01)。NRON和NFAT在腹部脂肪组织中表达水平随周龄增加而显著升高。研究结果为进一步探讨NRON基因影响肉鸡肌肉和脂肪组织生长发育分子机制奠定基础。