4种古DNA抽提方法效果比较

目的：寻找到一种简便、快速、可靠、有效的古DNA抽提方法。方法：选择基于硅粒法和硅离心柱法的四种抽提方法（方法A：Modified Silica ParticlesMethod；方法B：Ceneelean Method；方法C：QIAamp Method；方法D：Modified QIAquick method））分别抽提5个距今约4000年的古绵羊线粒体DNA（mtDNA），并进行PCR扩增，通过琼脂糖凝胶电泳观察扩增成功与否，根据扩增成功率判断抽提方法的优劣。结果：4种方法的扩增成功率从20％～100％，基于硅离心柱法的抽提效果（60％，100％）明显的优于基于硅粒法（20％，40％），其中Modified Silica Particles Method的效果最差（20％），Modified QIAquick Method的效果最好（100％）。结论：Modified QIAquick Method方法使用Centrieon超滤管浓缩DNA抽提裂解液，结合硅离心柱进行DNA纯化，能有效去除PCR抑制物，同时得到较好的古DNA模板。

内蒙古赤峰地区青铜时代古马线粒体DNA分析

为了探索中国家马的起源,对内蒙古赤峰地区大山前和井沟子遗址青铜时代9匹古马进行了线粒体DNA(mtDNA)研究,分别扩增并测序了线粒体16S rRNA基因和mtDNA控制区(D-loop)片段.结合东亚、中亚、近东、欧洲等地家马的mtDNA序列进行系统发育网络分析(phylo-genetic network).对极端保守的16S rRNA基因分析表明赤峰地区的埋藏环境适合古DNA的保存.系统发育网络显示9匹古马并没有聚集在一个聚簇中,而是分散在具有一定地理分布倾向的现代家马聚簇中.研究发现赤峰地区古马的母系遗传呈现高度多样性,对现代家马mtDNA基因池的形成具有重要的贡献,从一个侧面反映了中国家马起源的复杂性.

中国“罪犯DNA数据库”STR基因座研究

选择合适的 STR基因座 ,建立中国“罪犯 DNA数据库”模式库。以 2 2 11名汉族、15 0名维吾尔族、10 4名回族群体为分析对象 ,提取罪犯血样 DNA,用复合 PCR和四色荧光技术检测了 D3S135 8、v WA、FGA、D8S1179、D2 1S11、D18S5 1、D5 S818、D13S317、D16 S5 39、TH0 1、TPOX、CSF1PO、D7S82 0等 13个 STR基因座及性别 Amelogenin基因座。在 13个 STR基因座中 ,除 TH0 1、TPOX基因座外 ,其余各基因座的个体鉴别能力 (DP)值均接近 0 .9,杂合度(H)均大于 0 .7,排除概率 (PE)大都在 0 .5以上 ,其中 FGA、D8S1179、D2 1S11和 D18S5 1基因座 DP≥ 0 .95 ,H≥ 0 .85 ,PE≥ 0 .6 5 ,表明它们在法医学上极有应用价值。TH0 1和 TPOX在多态性方面较差 (H分别为 0 .6 430和 0 .6 2 96 ,PE分别为0 .40 46和 0 .370 1) ,但也符合应用于法医学的要求。13个基因座的平均偶合率为 5× 10 - 1 5 ～ 1.2× l0 - 1 4 ,适合作为中国人群的遗传学标志 ,用于建立中国“罪犯 DNA数据库”

内蒙古砧子山墓地古人的线粒体DNA多态性分析

为了研究内蒙古元上都遗址砧子山墓地古代人群的遗传结构及其可能来源,对该墓地古人的DNA进行了抽提、扩增和测序,获得了10个个体的线粒体DNA高可变一区序列.结合现代东亚、北亚、中亚和欧洲人的线粒体DNA数据进行了系统发育分析和多维尺度分析.研究结果表明:埋藏在砧子山墓地的元代居民为汉族人,主要是来自中国北方地区的汉族.本研究为揭示元代的复杂社会结构和人群历史动态提供了新的方法.

吐尔基山辽代贵族墓葬人骨遗骸线粒体DNA多态性分析

目的:利用分子生物学方法确定吐尔基山辽墓主人的身份及其与契丹贵族的关系。方法:对吐尔基山辽墓出土的人骨遗骸进行mtDNA研究,使用4对套叠引物对线粒体第一高可变区(360 bp)进行扩增和测序,利用契丹贵族人群的相关序列,对所得序列进行分子系统学分析。结果:与剑桥序列进行比对,共有5个突变位点;系统发育分析结果表明,吐尔基辽与契丹贵族人群遗传距离最近,且在契丹贵族的2个家族中与耶律羽之家族的亲缘关系相对较近,验证了吐尔基山辽墓主人的贵族身份。此外,与其他已报道人群数据进行比较表明,吐尔基山辽墓主人与现代外蒙古人群遗传距离最近,其5个突变位点均为蒙古人的突变热点。结论:吐尔基山辽墓样本应属于北亚蒙古人种。

新疆山普拉古代居民线粒体DNA研究

山普拉墓地位于新疆维吾尔自治区和田地区洛浦县城西南14km处,14C测定该墓地年代为公元前217至公元283年,属于古代新疆的于阗国遗存.实验通过4对套叠引物对山普拉古代居民线粒体基因组的高可变一区(364bp)进行扩增和测序,同时选择编码区6个位点做限制性片段长度分析(RFLP,Restriction Fragment Length Polymorphism).从16例山普拉个体中得到了13个真实可靠的线粒体DNA数据.对线粒体DNA单倍型类群分析结果表明,山普拉古代居民同时具有西部欧亚大陆和东部欧亚大陆特有的单倍性类群,是一混合人群.多维尺度分析以及U3亚型的中介网络图分析表明,山普拉古代人群与伊朗人群及奥塞梯人群有一定母系遗传联系.

内蒙古春秋战国时期古绵羊线粒体DNA分析

为了探讨中国绵羊的起源,对内蒙古凉城县小双古城和板城墓地春秋战国时期24个古绵羊进行了DNA分析,分别扩增并测序了线粒体DNA控制区271bp和细胞色素b基因300bp序列.系统发育树和中介网络图结果显示,中国内蒙古地区古绵羊存在3个含有不同频率的单倍型类群A(73.9%),B(17.4%)和C(8.7%),细胞色素b基因的分析结果显示这3个母系世系的分化时间远早于动物的驯化时间,这揭示了中国绵羊有3个不同的母系起源.研究还发现中国古绵羊群体与中国现代绵羊群体的遗传距离最近,并且二者之间的遗传结构极为相似,这表明2500年以来中国绵羊的遗传结构就已经趋于稳定,并对现代绵羊的基因贡献起着非常重要的作用.

内蒙古朱开沟遗址古代居民线粒体DNA分析

目的:探讨内蒙古朱开沟古代居民的遗传关系。方法:对9例保存较好的个体牙齿的线粒体基因组的高可变一区进行扩增和测序,与内蒙古饮牛沟古代人群及现代亚洲人群对比进行系统发育分析,并推测单倍型类群归属。结果:获得7例朱开沟遗址古代居民线粒体基因组高可变一区364 bp的序列,共检测出15个突变位点,界定7种单倍型,并归属到单倍型类群。结论:朱开沟古代居民在母系遗传上与其后的饮牛沟墓地古代居民及现代内蒙古地区人群关系密切,内蒙古中南部地区人群母系遗传结构具有连续性。

棉花MNP标记位点开发及其在DNA指纹图谱构建中的应用

棉花是重要的经济作物,棉属植物基因组复杂,分子标记开发困难且滞后于其他二倍体农作物。本研究利用多态性好、准确性高的MNP (multiple nucleotide polymorphisms, MNP)标记法,构建我国棉花主栽品种指纹图谱,为品种鉴定、遗传多样性分析、分子育种等提供技术指导和数据支撑。本研究根据现有棉花基因组数据开发了940个MNP位点,对98份棉花样品进行多重PCR扩增,构建文库并测序,提取每个样品中940个MNP标记的基因型,构建棉花品种指纹图谱。对98个样品进行两两比对,获得每2个样品之间的遗传差异。利用遗传差异比例对98个棉花样品绘制系统发育树。940个MNP位点在98份棉花样品中均获得有效扩增产物,扩增产物长度分布在163~274 bp,平均长度270 bp。在98份样品中平均区分度(discriminative power, DP)为0.46,任意2个品种间两两比较遗传差异,平均有410.26个MNP位点存在差异,平均差异为44.84%。从98份棉花品种的系统发育树可以看出,利用MNP标记可以依据地理分布将其分为3个类群,大致分布于黄河流域、长江流域和新疆地区。本研究开发的940个MNP标记可以对棉花品种进行精准分型,利用940个棉花MNP标记构建的98份棉花品种DNA指纹图谱,可为品种鉴定、品种权保护及种质创新提供技术支撑。

新疆扎滚鲁克古代人群的线粒体DNA分析

从15例扎滚鲁克古代人牙齿样本中提取扩增线粒体DNA,确定其单倍型归属,并结合相关现代人群进行了系统发育分析和多维尺度分析.结果表明,扎滚鲁克古代人群与现代中亚人群有较近的母系遗传关系,是欧亚混合人群.与以前的新疆古代人群研究相比,该人群东部欧亚序列的成分明显增多,这可能与人群所处的地理及历史时代相关.

交河故城古车师人的线粒体DNA分析

从距今 2 0 0 0～ 2 5 0 0年左右的交河故城古代人骨中提取古 DNA,用 4对重叠引物对线粒体基因组的调控区 (3 63 bp)进行了扩增及测序 .线粒体基因组编码区的扩增片段用于限制性片段多样性分析 .结果显示4个个体中具有 3个 DNA序列 ,其中来自不同墓穴的两个个体的序列相同 ,说明这两者间有密切的母系遗传关系 .系统发育分析表明古车师的这 4个个体分散分布在现代新疆维吾尔人的序列之中 .从这些结果可以初步得出结论 ,即古车师人群并不是一个同源群体 ,在早期铁器时代 。

兼容型maizeSNP384标记筛选与玉米杂交种DNA指纹图谱构建

为加强玉米品种管理和知识产权保护,评估确定了一套兼容多技术平台,适于玉米分子鉴定的SNP位点组合,该组合包含384个位点;构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,并针对位点和样品从各个角度进行分析。384个位点全部分布在基因内区域,显示了较好的多态性;MAF、PIC、DP平均值分别为0.39、0.36、0.60,384个位点中88%的位点MAF值高于0.30,98%的位点PIC值高于0.30,98%的位点DP值高于0.50。对335个玉米杂交种进行遗传相似系数两两比较,GD(1−Nei遗传距离)的变异范围为0.60~0.99,GD≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.10%、0.38%、1.40%;GS(相同等位基因比)的变异范围为0.50~0.99,GS≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.03%、0.11%、0.35%。从384个位点中抽取最优位点组合,12个位点组合时品种识别率为0.99,20个位点组合能够识别335个品种。综上所述,本研究报道的384个核心SNP位点具有兼容多平台、高稳定性、高重复性、高品种区分能力,利用核心位点构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,为玉米品种分子鉴定、指纹数据构建以及分子育种提供了关键数据支撑。

塔克拉玛干沙漠腹地隔离人群线粒体DNA序列多态性分析

对新疆塔克拉玛干沙漠腹地的 75名克里雅人线粒体DNA的高可变Ⅰ区的 15 996 16 40 1的片段进行了序列分析 ,在所测定的 75个个体中 ,共检测到 6 8个位点存在变异 ,界定了 71种不同的单倍型。克里雅人群的核苷酸变异度和平均核苷酸差异都介于所报道的东方人群和西方人群之间。根据Neighbor joining法构建系统发育树 ,发现中亚的各人群均处于东方人群的亚洲谱系和西方人群的欧洲谱系之间 ,并且克里雅与新疆维吾尔和境外维吾尔之间的遗传距离最近 ,表明他们之间有很密切的亲缘关系。

夏家店等古人骨DNA的提取、扩增及序列分析

古DNA从距今 2 0 0 0～ 50 0 0年的古代人骨 (编号为 :M89,ⅢM11,ⅢM12和AM4 )中提取出来 ,利用聚合酶链式反应分别对线粒体DNA中MTND4 基因中 112 10～ 11414(2 0 5bp)以及RegionV中 8196～ 83 16(12 1bP)进行了扩增 ,并被测序 .实验结果表明古代人骨中仍存在有大量的遗传信息 ,通过提取、扩增可以得到真实可靠的序列 .对序列进行比较发现 112 4 8,112 4 9,112 83及 112 93为易发生突变的位点 .结果经同源性分析后发现 ,ⅢM11和ⅢM12有很高同源性 ,而M89和AM4与ⅢM11和ⅢM12的同源性却比较低 .这对人类学、考古学及分子进化的研究有重要的辅助作用 .

290个吉林省审定玉米品种SSR-DNA指纹构建及遗传多样性分析

吉林省审定玉米品种标准指纹构建及遗传多样性分析,可为其品种审定、保护、市场监测等提供核心数据支撑,同时对于品种选育、种质创新也具有重要意义。本研究利用40对SSR标记构建了吉林省2010—2017年审定的290个玉米品种标准SSR-DNA指纹并进行了遗传多样性分析。结果表明,40对SSR标记检测到等位基因数平均值为11.85个,PIC平均值为0.64;品种杂合基因型频率平均值为0.66;品种间差异位点数目均≥2个。6个熟期组的遗传多样性分析显示,中晚熟和中熟审定的品种较多占71.72%,极早熟、早熟、晚熟审定品种较少;早熟组具有基因多样性参数最高值0.69,品种数量最多的中晚熟组具有相对低的基因多样性值。聚类结果显示,吉林省审定推广种植品种被划分为3类,分别是甜糯爆裂、极早熟和早熟类、偏中或晚熟类;偏中或晚熟的品种显示了两大趋势,代表了选用杂优群的差异、品种选育单位的不同、品种类型的差异等。本研究为吉林省玉米品种管理、品种选育、种质创新提供了重要的理论和数据基础。

2014-2019年国家玉米区域试验参试组合DNA指纹检测及遗传多样性分析

随着我国玉米品种审定制度的改革和参试渠道的扩宽,近年来玉米参试组合年均近8 000份,为了解我国近几年育种水平、发展趋势和存在的问题,对2014-2019年共计2 949份国家玉米品种试验参试组合进行DNA指纹检测和遗传多样性分析。40个SSR位点,平均每个位点检测到14.55个等位变异,平均遗传多样性和PIC(多样性信息)分别为0.71和0.67。2014-2019年不同年份参试组合的遗传多样性基本一致,其中爆裂组遗传多样性最低,鲜食玉米组遗传多样性最高,生态种植区上从北向南多样性有上升趋势。遗传聚类结果表明,爆裂、鲜食、热带和亚热带、极早熟几个组别分别归属不同的亚类,遗传背景与其他组别差异较大,其他区组的遗传背景相互渗透,东华北和西北组之间遗传关系最近。DNA指纹真实性检测结果表明,参试组合与数据库比对筛查出DNA指纹差异位点在5个以内的样品数量逐年下降。近10 a来我国玉米区域试验参试组合遗传多样性日趋丰富,SSR技术在玉米品种区域试验中发挥了重要的作用,随着育种新技术的不断发展,建议加快SNP等新技术在区域试验中的研究和应用。

新疆察吾呼沟古代居民线粒体DNA序列多态性分析

从距今2500~3000年的新疆察吾呼沟墓地的9例古代人骨中成功地提取出古DNA分子.用4对套叠引物对线粒体DNA高可变Ⅰ区进行了PCR扩增和测序,得到9个364bp的线粒体序列.从GenBank搜索其共享序列并与欧洲、亚洲序列进行系统发育分析,结果表明,早在青铜至早期铁器时代,在我国新疆天山中部地区已经有蒙古人种存在.察吾呼沟古代居民应是一个欧洲和东亚人种混合的古代群体.

西藏马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

对西藏拉萨和泽当两个地区23匹西藏马的线粒体DNA控制区(m tDNA D-loop)部分片段进行序列分析,检测出16个单倍型,包括32个核苷酸多态性位点(其中转换位点31个,缺失位点1个),占所分析位点总数的9.27%.单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)分别为0.93±0.04和2.51%±0.16%,表明西藏马的遗传多样性较丰富.基于23匹西藏马序列以及现代欧亚马群的m tDNA序列,进行了系统发育分析和多维尺度分析.结果表明,西藏马在母系遗传关系上与近东、中亚以及欧洲家马有较近的亲缘关系,与东亚的蒙古马以及韩国马亲缘关系较远.

新疆罗布诺尔地区铜器时代古代居民mtDNA多态性分析

目的 :通过新疆罗布诺尔地区铜器时代古代居民 m t DNA多态性分析 ,探讨新疆境内古代欧洲人种成分的来源。方法 :从孔雀河古墓沟墓地古代居民人骨中提取出古 DNA。用 4对套叠引物对线粒体基因组的调控区(36 3bp)进行扩增、测序。结果 :10个个体中具有 10个 DNA序列 ,系统发育分析表明罗布诺尔古代居民的核酸多样性及平均配对差异均与欧洲群体接近。结论 :早在 380 0年前的铜器时代 ,罗布诺尔地区已有单一的欧洲人种构成的人群存在。

新疆锡伯族人群线粒体DNA的遗传学分析

分析48个锡伯人线粒体DNA高可变Ⅰ区的遗传多态性,并与已发表的相关人群线粒体DNA数据进行比较.结果表明,在48个序列中共检测出43个突变位点,界定了35种单倍型,其线粒体DNA1序列多态性为0.982,核苷酸多态性为0.018,而其平均核苷酸差异为5.922.人群比较分析表明,锡伯人与古代拓跋鲜卑人有最近的亲缘关系,同时也表现出与中国北方游牧民族有较近的亲缘关系,推断锡伯人可能是拓跋鲜卑的后裔.