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构巢曲霉与30种丝状子囊菌的基因组比较
被引量:
3
1
作者
曾昭清
赵福永
+1 位作者
Tom Hsiang
余知和
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第11期1195-1202,共8页
为探讨丝状子囊菌的序列同源性,文章利用公开发表的真菌基因组序列构建本地基因组数据库,设置E值统计阈值为0.1,将构巢曲霉(Aspergillus nidulans)基因组的10560个注释基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较。结果表明,同源匹配基因数量...
为探讨丝状子囊菌的序列同源性,文章利用公开发表的真菌基因组序列构建本地基因组数据库,设置E值统计阈值为0.1,将构巢曲霉(Aspergillus nidulans)基因组的10560个注释基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较。结果表明,同源匹配基因数量的多少可反映子囊菌之间的进化关系。构巢曲霉基因组的924个基因与这30种子囊菌基因组同时存在匹配序列,其中E值在10-5~0.1、10-30~10-5、10-100~10-30、0~10-100范围内都存在匹配序列的基因分别为6个、3个、6个和6个。ClustalX多序列比对分析显示,E值10-5~0.1的6组序列和E值10-30~10-5的3组序列均显示变异性过大而E值0~10-100的6组序列过于保守,E值介于10-100~10-30之间的6组同源序列可用于本研究的31种子囊菌系统学分析。
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关键词
Standalone
BLAST
E值
真菌基因组:同源性
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职称材料
题名
构巢曲霉与30种丝状子囊菌的基因组比较
被引量:
3
1
作者
曾昭清
赵福永
Tom Hsiang
余知和
机构
长江
大学
生命科学学院
guelph大学环境生物学系
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第11期1195-1202,共8页
基金
湖北省自然科学基金项目(编号:2009CDB362)
湖北省国际交流合作项目(编号:2009BFA014)资助
文摘
为探讨丝状子囊菌的序列同源性,文章利用公开发表的真菌基因组序列构建本地基因组数据库,设置E值统计阈值为0.1,将构巢曲霉(Aspergillus nidulans)基因组的10560个注释基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较。结果表明,同源匹配基因数量的多少可反映子囊菌之间的进化关系。构巢曲霉基因组的924个基因与这30种子囊菌基因组同时存在匹配序列,其中E值在10-5~0.1、10-30~10-5、10-100~10-30、0~10-100范围内都存在匹配序列的基因分别为6个、3个、6个和6个。ClustalX多序列比对分析显示,E值10-5~0.1的6组序列和E值10-30~10-5的3组序列均显示变异性过大而E值0~10-100的6组序列过于保守,E值介于10-100~10-30之间的6组同源序列可用于本研究的31种子囊菌系统学分析。
关键词
Standalone
BLAST
E值
真菌基因组:同源性
Keywords
Standalone Blast
Expect value
fungal genomes
homology
分类号
Q93 [生物学—微生物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
构巢曲霉与30种丝状子囊菌的基因组比较
曾昭清
赵福永
Tom Hsiang
余知和
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2010
3
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