复杂网络：结构和动力学

耦合的生物化学系统、神经网络、相互作用的群居物种、互联网和万维网只是由大量高度相互连接的动态个体组成的系统的少数几个例子。获取这类系统的全局特征的首选方法是建立图模型——图中的点代表动态个体，边代表个体间的相互作用。一方面，科学家们需要处理结构问题如刻画一个复杂连线体系的拓扑结构、揭示建立在现实网络基础上的统一原理，以及完善模型从而模拟网络的增长和复制网络结构特性；另一方面，在研究复杂网络动力学时会产生许多相关问题，例如研究一个大的动态系统如何通过复杂连接的相互作用来表现集体行为的。我们回顾了近来在研究复杂网络的结构和动力学方面的主要概念以及取得的结果，总结了这些思想在许多不同学科包括从非线性科学到生物学、从统计力学到医药学以及工程学等领域的有关应用。

复杂网络:结构与动力学

(续本刊2006年第3期) 3 静态与动态鲁棒性 网络的鲁棒性是指当网络中的部分节点或边被破坏时,网络仍然能够继续维持其功能的能力.这是一个具有明显实际意义的论题,因为它直接影响着任何发生在网络上的过程的效率,而且它也是复杂网络文献中最早被探索的论题之一.……

用MXAN拟合钩端螺旋体去甲酰化酶XANES谱

钩端螺旋体去甲酰化酶(Leptospira interrogans PDF)是一种重要的含锌金属蛋白酶,对钩端螺旋体这一广泛存在的致病菌的蛋白合成起着关键的催化作用,是一个很好的药物设计靶蛋白．本文测试了LiPDF在pH3．0的溶液状态下的X射线吸收近边结构(XANES：X-Ray Absorption Near-Edge Structure)谱,利用以从头计算(ab．initio)的多重散射(Multiple Scattering)为基础的MXAN方法确定金属蛋白活性中心的精细结构．研究发现结合合适的初始结构模型,可以更好地重现LiPDF蛋白的XANES曲线,从而能够得到更加准确的结构参数．活性中心的精细结构为理解LiPDF的pH依赖的催化活性提供了结构基础．