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基于丙氨酸扫描与相互作用熵方法的PARP1与配体的结合自由能计算
1
作者
张右梓
刘笑
+1 位作者
周一凡
张增辉
《中国科学:化学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第2期204-209,共6页
PARP1蛋白是真核细胞DNA损伤修复的关键因子,也是近年来肿瘤治疗的新热靶标之一.本文运用本课题组发展的基于相互作用熵方法并结合MM/GBSA方法对蛋白-配体进行丙氨酸扫描,计算了10个抑制剂小分子与PARP1蛋白及与PARP1蛋白各残基间的相...
PARP1蛋白是真核细胞DNA损伤修复的关键因子,也是近年来肿瘤治疗的新热靶标之一.本文运用本课题组发展的基于相互作用熵方法并结合MM/GBSA方法对蛋白-配体进行丙氨酸扫描,计算了10个抑制剂小分子与PARP1蛋白及与PARP1蛋白各残基间的相互作用结合自由能并由此获得总的结合自由能.计算结果表明,相比传统MM/GBSA方法,新的计算方法可以显著提高蛋白-配体结合自由能计算的精度,缩小与实验值的误差.
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关键词
PARP1
抑制剂
MM/GBSA
相互作用熵
结合自由能
分子动力学
原文传递
题名
基于丙氨酸扫描与相互作用熵方法的PARP1与配体的结合自由能计算
1
作者
张右梓
刘笑
周一凡
张增辉
机构
精密光谱科学与技术国家重点实验室、华东师范
大学
化学
与分子工程学院
nyu-ecnu计算化学联合研究中心、上海纽约大学
出处
《中国科学:化学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第2期204-209,共6页
基金
国家重点研发专项(编号:2016YFA0501700)
国家自然科学基金(编号:21433004,91753103)
+1 种基金
上海市普陀区创新项目(编号:2014-A-02)
上海教委重大项目(编号:201701070005E00020)资助
文摘
PARP1蛋白是真核细胞DNA损伤修复的关键因子,也是近年来肿瘤治疗的新热靶标之一.本文运用本课题组发展的基于相互作用熵方法并结合MM/GBSA方法对蛋白-配体进行丙氨酸扫描,计算了10个抑制剂小分子与PARP1蛋白及与PARP1蛋白各残基间的相互作用结合自由能并由此获得总的结合自由能.计算结果表明,相比传统MM/GBSA方法,新的计算方法可以显著提高蛋白-配体结合自由能计算的精度,缩小与实验值的误差.
关键词
PARP1
抑制剂
MM/GBSA
相互作用熵
结合自由能
分子动力学
Keywords
PARP1, inhibitor, MM/GBSA, interaction entropy, binding free energies, MD simulation
分类号
O641.4 [理学—物理化学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于丙氨酸扫描与相互作用熵方法的PARP1与配体的结合自由能计算
张右梓
刘笑
周一凡
张增辉
《中国科学:化学》
CAS
CSCD
北大核心
2018
0
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参考文献
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