Genotype-Specific Microsatellite (SSR) Markers for the Sugarcane Germplasm from the Karst Region of Guizhou, China

Genetic variability among sugarcane genotypes from the Karst region of China was evaluated using genotype-specific microsatellite (SSR) markers. Eighteen sugarcane genotypes including 13 active cultivars and five elite QT-series clones bred locally were screened for genetic variability with 21 SSR primer pairs. All the primer pairs were highly polymorphic and amplified a total of 167 alleles with an average of eight alleles per primer pair. The average polymorphism information content (PIC) value was 0.86 with a range of 0.68 and 0.92. A UPGMA dendrogram categorized the 18 sugarcane genotypes into three major groups containing three, ten and five genotypes, respectively. No geographical affinity was observed among genotypes within the same group. Eight SSR primer pairs produced cultivar-specific alleles, of which five alleles were unique to the QT-series clones, namely, SMC334BS-165 and SMC851MS-145 in QT 08-558, mSSCIR43-229 in QT 4, SM597CS-182 in QT 08-536 and SMC7CUQ-168 in QT 06-212. The clone-specific SSR alleles will be useful in identifying elite QT-series clones for use in the sugarcane crossing programs in China.

甘蔗属不同种及优良甘蔗栽培品种的SSR标记遗传多样性分析

应用21对SSR引物与毛细管电泳技术,分析了52个甘蔗属品种的遗传多样性。共检测出327个SSR标记,平均每对引物检测15.6个。选择141个共显性标记构建SSR标记指纹图谱数据库,利用DNAMAN软件与UPGMA统计方法分析参试材料遗传多样性。DNAMAN软件同源分析显示,新台糖16号与台优1号之间的同源性最高(87%),品种之间最小的同源性为55%;利用UPGMA统计方法可把参试材料分成4个遗传相似性较高的类群。结果表明,SSR标记与毛细管技术的结合,可构建甘蔗种质资源SSR标记指纹图谱、分析甘蔗种质资源遗传多样性。聚类分析显示参试甘蔗材料的遗传基础相近,为了提高甘蔗选育种效率,应拓宽甘蔗选育种亲本的遗传基础,提高杂交栽培品种的抗虫、抗病等特性。

利用SSR标记与毛细管电泳对甘蔗属进行的遗传分析

为探讨甘蔗属内不同种之间的遗传多样性,利用SSR标记与毛细管电泳技术,对来自甘蔗属3个不同种的12个材料19对引物进行检测,共检测到229个DNA多态性条带,19对引物扩增的DNA条带范围集中在100～260bp之间。12个甘蔗材料的Jaccard遗传相似度,最小0.09,最大0.65,平均为0.26。通过遗传相似性系数分析,UPGMA聚类图内12个甘蔗材料可分为两个群,三个割手密种材料分为一个亚群,甘蔗栽培品种与甘蔗热带种合为一个亚群。结果表明:热带种比割手密种具有和甘蔗栽培品种更亲近的遗传关系;SSR分子标记与毛细管技术结合,相比别的分子标记技术或电泳技术,具有更准确、简便、自动化等优点。

贵州省甘蔗审定品种及区试材料的SSR-CE/FD分析

旨在保护贵州育种单位知识产权,指导当地甘蔗杂交育种亲本组合的制定。采用SSR标记和毛细管电泳/荧光检测技术相结合(SSR-CE/FD)的技术,对12个贵州甘蔗材料进行基因型分析,利用NTsys软件进行数据处理。21对多态性高的SSR引物共获得131条扩增带,多态性条带比例为90.1%,平均每对引物产生6.2个条带。其中11个条带为7个品种(系)中某一品种(系)的特征条带;利用这些特征条带可以迅速将该7个品种(系)的中某一品种(系)与其他材料区分开。引物SMC31CUQ多态性条带比例为100%,且可以将12个甘蔗材料完全区分开,是分辨率最高的引物。UPGMA聚类分析表明12个甘蔗无性系间的遗传相似系数变异范围为0.64~0.92。本研究成功构建了贵州3个审定品种和9个区试材料基于131个SSR条带的指纹图谱,12个甘蔗无性系之间遗传基础较为狭窄,育种工作中应选用遗传背景差异大的甘蔗亲本,从而拓宽贵州甘蔗品种(系)的遗传基础。

9个果蔗品种(系)遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

【目的】对9个果蔗品种（系）进行遗传多样性分析并构建其DNA指纹图谱，为果蔗品种鉴定和分子育种等提供理论依据。【方法】利用21个SSR分子标记和毛细管电泳技术对来自4个省份的9个果蔗品种（系）进行遗传多样性分析，应用NTSYS-pc 2.11计算供试材料间遗传相似系数，并运用UPGMA法进行聚类分析，同时构建其DNA指纹图谱。【结果】21对SSR引物共扩增出204条带，多态性比例为75.99%，每对引物可扩增出4~31条带，平均为9.71条。其中，17对引物含有9个果蔗品种（系）的44个特征位点，仅有5对引物鉴别能力最强，单个引物即可将其完全区分开。选择多态性高、鉴别力强且含有品种（系）特征位点的3对引物（SMC36BUQ、SMC597CS和SMC851MS）构建了9份果蔗品种（系）基于44个位点的DNA指纹图谱。9份果蔗材料的遗传相似系数为0.62~0.90，平均为0.77。UPGMA聚类结果显示，9个果蔗材料可分为三大类群，且与材料来源地无直接关系。【结论】9个果蔗品种（系）间的遗传基础差异较小，亲缘关系较近，遗传多样性并不丰富，在育种中应加大果蔗亲本遗传背景的差异，提高其遗传多样性。