云南甘薯病毒的检测及主要病毒的多样性分析

【目的】明确云南甘薯病毒的种类,并对主要病毒进行遗传多样性分析。【方法】利用PCR/RT-PCR技术,对采自云南16个县、市的279个甘薯样品进行扩增、测序,对所得序列应用分子生物学软件MEGA 5进行系统发育分析。【结果】除普洱和祥云的样品中未检测到任何病毒外,其余14个县、市的123个甘薯样品中共检测到甘薯褪绿斑病毒(SPCFV)、甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)、甘薯卷叶病毒(SPLCV)、甘薯C病毒(SPVC)、甘薯G病毒(SPVG)和甘薯病毒2号(SPV2)等6种病毒。其中SPVG的检出率最高,达39.1%,为云南甘薯病毒的优势种,SPFMV和SPVC的检出率分别为26.9%和24.7%,而SPLCV检出率最低,仅为0.4%。在所检测的样品中未发现甘薯褪绿矮化病毒(SPCSV)和甘薯轻斑驳病毒(SPMMV)。云南甘薯病毒多数为2?5种病毒复合侵染,占总样品数的31.9%,其中2?3种病毒复合侵染现象最为常见,单一病毒侵染占总样品数的12.2%。检出率比较低的SPCFV、SPLCV和SPV2未发现单独侵染现象。【结论】云南甘薯上发生的SPFMV分离物存在EA株系和O株系,未发现RC株系,另有两个分离物同EA、O、RC之间的亲缘关系均较远,有可能是一个新的株系;SPVC和SPVG分离物均可分为3个不同的组,大部分SPVG云南分离物属于Ⅰ组。