水文连通对于维护滨海湿地生物多样性至关重要,鱼类多样性作为生物多样性的重要组成部分,了解其对不同水文连通强度的响应具有重要意义。本研究基于环境DNA宏条形码技术(e DNA metabarcoding)检测黄河三角洲典型潮沟系统鱼类多样性,分...水文连通对于维护滨海湿地生物多样性至关重要,鱼类多样性作为生物多样性的重要组成部分,了解其对不同水文连通强度的响应具有重要意义。本研究基于环境DNA宏条形码技术(e DNA metabarcoding)检测黄河三角洲典型潮沟系统鱼类多样性,分析鱼类物种分布对不同水文连通强度潮沟生境差异的响应特征。利用12S r RNA经典鱼类引物对采集自三级潮沟系统的水样进行高通量测序,共检测出鱼类55种,其中本地鱼类27种、非本地鱼类28种,物种组成以鲈形目为主。各样点序列丰度均较高的鱼类有矛尾刺虾虎鱼(Acanthogobius hasta)、鮻(Planiliza haematocheilus)、长体刺虾虎鱼(Acanthogobius elongatus)等。鱼类多样性在不同水文连通性潮沟间差异明显,其中,二级潮沟群落多样性水平、丰富度指数、物种种类及各种鱼类类群中的个体均匀程度等都明显高于其他两级潮沟。RDA分析显示有6种环境因子与鱼类群落结构显著相关(P<0.05),分别为:硅酸盐(SiO_(3)^(2-)-Si)、硝酸盐(NO_(3)^(-)-N)、酸碱度(p H值)、盐度(SAL)、铵盐(NH_(4)^(+)–N)、溶解氧(DO)。其中,优势种矛尾刺虾虎鱼的序列丰度与硅酸盐呈正相关,鮻的序列丰度与盐度呈负相关。本研究通过与传统采样数据进行比较,证实了环境DNA宏条形码技术用于监测黄河口典型潮沟水体中鱼类多样性的可行性,表明潮沟系统水文连通性对鱼类群落结构及多样性均具有明显的影响,研究结果有助于进一步了解滨海湿地水文连通对生物群落的影响机制。展开更多
度量样方间物种组成的差异,即β多样性,是生态学研究中的常用手段。在开展生态学研究的过程中,不同样方获取的样本量通常不同。使用物种稀疏曲线可以计算不同样本量的α多样性,但常用的β多样性指数的计算却没有考虑样本量的差异。本文...度量样方间物种组成的差异,即β多样性,是生态学研究中的常用手段。在开展生态学研究的过程中,不同样方获取的样本量通常不同。使用物种稀疏曲线可以计算不同样本量的α多样性,但常用的β多样性指数的计算却没有考虑样本量的差异。本文主要介绍了从稀疏曲线演化而来的可以计算不同样本量的β多样性指数——预期共享物种数(expected species shared,ESS)及其标准化后的指数,其中详细介绍了弦标准化的预期共享物种数(chord-normalized expected species shared,CNESS)。利用真实采集的数据集,本文演示了在不同样本参数m下,CNESS经过主坐标分析(principalcoordinatesanalysis,PCo A)的二维排序结果,并比较了样本量变化后,CNESS与基于多度的Chao-Jaccard相异性指数之间的差异。模拟结果表明,CNESS指数与Chao-Jaccard指数的PCoA结果具有相关性,该相关性不随m值的变化而变化。CNESS指数较Chao-Jaccard指数具有更多优势,通过调节样本参数m,CNESS的结果可以分析优势种或者稀有种的物种组成差异,同时CNESS指数对样本量不敏感。ESS系列相异指数是基于物种多度的计算,适用于样本量不一致时的β多样性研究,建议在开展昆虫等无脊椎动物的生态学研究中使用此指数。为了更加准确地获得样方之间的物种组成差异,在数据分析的过程中应选取不同大小的m值计算CNESS。然而,由于样本量小于特定m值的样方会在计算中被剔除,因此,在实际的取样工作中,每个样方都应该尽量采集到足够多的个体,才能保证在m值足够大的时候也不丢失样方信息。展开更多
文摘水文连通对于维护滨海湿地生物多样性至关重要,鱼类多样性作为生物多样性的重要组成部分,了解其对不同水文连通强度的响应具有重要意义。本研究基于环境DNA宏条形码技术(e DNA metabarcoding)检测黄河三角洲典型潮沟系统鱼类多样性,分析鱼类物种分布对不同水文连通强度潮沟生境差异的响应特征。利用12S r RNA经典鱼类引物对采集自三级潮沟系统的水样进行高通量测序,共检测出鱼类55种,其中本地鱼类27种、非本地鱼类28种,物种组成以鲈形目为主。各样点序列丰度均较高的鱼类有矛尾刺虾虎鱼(Acanthogobius hasta)、鮻(Planiliza haematocheilus)、长体刺虾虎鱼(Acanthogobius elongatus)等。鱼类多样性在不同水文连通性潮沟间差异明显,其中,二级潮沟群落多样性水平、丰富度指数、物种种类及各种鱼类类群中的个体均匀程度等都明显高于其他两级潮沟。RDA分析显示有6种环境因子与鱼类群落结构显著相关(P<0.05),分别为:硅酸盐(SiO_(3)^(2-)-Si)、硝酸盐(NO_(3)^(-)-N)、酸碱度(p H值)、盐度(SAL)、铵盐(NH_(4)^(+)–N)、溶解氧(DO)。其中,优势种矛尾刺虾虎鱼的序列丰度与硅酸盐呈正相关,鮻的序列丰度与盐度呈负相关。本研究通过与传统采样数据进行比较,证实了环境DNA宏条形码技术用于监测黄河口典型潮沟水体中鱼类多样性的可行性,表明潮沟系统水文连通性对鱼类群落结构及多样性均具有明显的影响,研究结果有助于进一步了解滨海湿地水文连通对生物群落的影响机制。
文摘度量样方间物种组成的差异,即β多样性,是生态学研究中的常用手段。在开展生态学研究的过程中,不同样方获取的样本量通常不同。使用物种稀疏曲线可以计算不同样本量的α多样性,但常用的β多样性指数的计算却没有考虑样本量的差异。本文主要介绍了从稀疏曲线演化而来的可以计算不同样本量的β多样性指数——预期共享物种数(expected species shared,ESS)及其标准化后的指数,其中详细介绍了弦标准化的预期共享物种数(chord-normalized expected species shared,CNESS)。利用真实采集的数据集,本文演示了在不同样本参数m下,CNESS经过主坐标分析(principalcoordinatesanalysis,PCo A)的二维排序结果,并比较了样本量变化后,CNESS与基于多度的Chao-Jaccard相异性指数之间的差异。模拟结果表明,CNESS指数与Chao-Jaccard指数的PCoA结果具有相关性,该相关性不随m值的变化而变化。CNESS指数较Chao-Jaccard指数具有更多优势,通过调节样本参数m,CNESS的结果可以分析优势种或者稀有种的物种组成差异,同时CNESS指数对样本量不敏感。ESS系列相异指数是基于物种多度的计算,适用于样本量不一致时的β多样性研究,建议在开展昆虫等无脊椎动物的生态学研究中使用此指数。为了更加准确地获得样方之间的物种组成差异,在数据分析的过程中应选取不同大小的m值计算CNESS。然而,由于样本量小于特定m值的样方会在计算中被剔除,因此,在实际的取样工作中,每个样方都应该尽量采集到足够多的个体,才能保证在m值足够大的时候也不丢失样方信息。